Nurhan Özlü, PhD.

Sorumlu Akademisyen

Tel: +90 (212) 338-1071

E-posta: nozlu@ku.edu.tr

Seda Kızılel, PhD.

Sorumlu Akademisyen

Tel: +90 (212) 338-1836

E-posta: skizilel@ku.edu.tr

Omiks Laboratuvarına Hoşgeldiniz.

Merkezimizde kütle spektrometri-bazlı proteomik yöntemlerle doku, hücre ve vücut sıvılarından elde edilen proteinlerin geniş ölçekte analizleri yapılmaktadır. Karşılaştırmalı proteomik yaklaşımlar kontrol ve hastalıklı koşullar arasındaki küçük farkları bile tespit edebilir.  Kanser ve diğer hastalık tedavisinde kullanılan ilaçlarının hücredeki proteinler üzerindeki etkilerinin araştırılmasında kullanılabilir. Farklı koşullar arasındaki karşılaştırma nitelik ve nicelik olarak protein ve posttranslasyonel modifikasyon seviyelerinde yapılır. Proteom genelinde proteinlerin tanımlanması, karakterizasyonu ve post translasyonel modifikasyon analizlerinin yanı sıra, proteomik yaklaşımlarla protein kompleksleri ve protein-protein etkileşimleri detaylı olarak analiz edilmektedir.

Enstrümental Sistemler

  • Thermo Scientific nano Sıvı Kromatografisi (n-LC)
  • Thermo Scientific Q-Exactive Orbitrap Kütle Spektroskopisi analitik sistemi (MS/MS)

Data Analiz Programları

  • Thermo Fisher Scientific Proteome Discoverer
  • Matrix Science Mascot
  • Maxquant
  • Scaffold
  • Protein Pilot

Nazlı Ezgi Özkan, PhD.

Sorumlu Postdoc

Tel: +90 (212) 338-1000

E-posta: nazozkan@ku.edu.tr

Bilgilendirme Klavuzu

Merkezimizde, literatürde sekans bilgisi mevcut olan organizmalar için proteomiks analiz yapılmaktadır. Protein tanımlanması ya da miktar tayini haricindeki analizlerin yapılabilirliğini öğrenmek için lütfen iletişime geçin.

Analizler sorumlu akademisyenler ve teknisyenler tarafından gerçekleştirilebilir. Merkezde analizler ücretli olarak gerçekleştirilir.  Ancak analizler için fonunuz kısıtlı ise KUTTAM Direktörlüğü ile iletişime geçebilirsiniz.

  • LC-MS/MS tabanlı protein tanımlanması
  • Kompleks proteom analizi
  • IP (immünopresipitasyon)/ BioID sonucu interaktom belirleme
  • Yaygın protein modifikasyonlarının tanımlanması ( metilasyon, asetilasyon, fosforilasyon vb.)
  • Peptit fragmentasyonu (HCD)
  • Yukarıda belirtilen hizmetler için data analizi
İşlem Açıklama Ücret
Standart Proteomiks Analiz* Enzimatik kesim, örnek temizliği, nLC-MS/MS Analizi, Veritabanı analizi 3250 TL + KDV
* Fiyatlandırma örnek tipine, istenilen enzimatik kesime ve örnek sayısı vb. göre farklılık gösterebilmektedir. Detaylı bilgi için lütfen KUTTAM Direktörlüğü ile irtibata geçiniz.

CİHAZ BİLGİLERİ (Kullanım Alanları, Teknik Özellikler)

  • Thermo Scientific Q Exactive HF Hibrid Quadrupole-Orbitrap Kütle Spektrometresi
  • Thermo Scientific Dionex Ultimate 3000 NCS-3500RS nano Sıvı Karomatografisi
  • Thermo Scientific Easy nano LC Sıvı Kromatografisi

Thermo Scientific Q Exactive HF Hibrid Quadrupole-Orbitrap Kütle Spektrometresi

Teknik Özellikler

Mass Range                50 to 6,000 m/z (up to 8,000 m/z with BioPharma option)

Dynamic Range          >5,000:1

Mass Accuracy           Internal: <1 ppm RMS; External: <3ppm RMS

Polarity Switching      One full cycle in < 1 sec (one full positive mode scan and one full negative mode scan at a resolution setting of 60,000)

Sensitivity                   MS/MS: 100 fg reserpine on column S/N 150:1

SIM: 50 fg reserpine on column S/N 150:1

Resolution                   Up to 240,000 (FWHM) at m/z 200

Scan Rates                  Up to 40 Hz

Thermo Scientific Dionex Ultimate 3000 NCS-3500RS nano Sıvı Kromatografisi Teknik Özellikleri

UHPLC pressure capability of up to 860 bar for high performance separations

Wide flow rate range from 50nL/min to 50µL/min

Integrated micro flow pump for flow rates up to 2500µL/min for quick loading, desalting and pre-concentration onto trap columns

Thermo Scientific Easy nano LC 1200 Sıvı Kromatografisi Teknik Özellikleri

Flow Rate Range        20-2000nL/min (Recommended 100-1000nL/min)

Pressure Range           0-1200 bar

Depth (English)           15 inches

Depth (Metric)            38cm

Height (English)          18 inches

Height (Metric)           45cm

Weight (Metric)          37kg

Width (English)           14 inches

Width (Metric)            36cm

Lütfen örneklerinizi mesai saatleri içerisinde elimize ulaşacak şekilde göndermeye dikkat edin. Özellikle soğuk zincir ile göndereceğiniz örnekle için araya hafta sonu girmemesi örnek kalitesinin korunması açısından kritik öneme sahiptir. Lütfen örneklerinizi göndermeden önce “Analiz Öncesi Bilgilendirme Formu” nu doldurun ve formun bir çıktısını da örnekleriniz ile beraber gönderin.

Analiz sonucunda elde edilen ham veriler aksi belirtilmediği takdirde Thermo Scientific Proteome Discoverer 2.1. programı ile analiz edilmekte ve oluşturulan protein/peptit listeleri Excel formatında kullanıcıya rapor edilmektedir. Bu rapor formatında protein adı, uluslararası veri tabanı (Uniprot, Swissprot vb.) tanımlama numarası, moleküler ağırlığı, sekans kapsamı ve peptit-sekans eşleşmesi gibi temel bilgiler yer almaktadır. Peptit modifikasyonları gibi ekstra bilgilerin talep edilmesi durumunda istek formunda belirtilmesi gerekmektedir.

Thermo Scientific Proteome Discoverer programı haricinde farklı analiz yöntemleri için iletişime geçilmesi gerekmektedir.

Talep edildiği takdirde, ham veriler “.raw” formatında kullanıcıya verilebilmektedir. Birçok dergi yayın sırasında proteomiks çalışmaların ham verileri talep etmektedir. Bu nedenle ham verilerinizi almanızı ve yayın süreci bitene kadar saklamanızı şiddetle tavsiye ederiz.

Ham veriler 6 ay süreyle merkezdeki bilgisayarda ve sunucularda saklanmaktadır.