Nurhan Özlü, PhD.
Faculty Co-Director Phone +90 (212) 338-1071
E-Mail: nozlu@ku.edu.tr
Omiks
Welcome to Omics Laboratory.
In our center, mass spectrometry-based proteomic methods are used to analyze the proteins obtained from tissues, cells and body fluids in a wide scale. Comparative proteomic approaches can detect even minor differences between control and diseased conditions. It can be used to investigate the effects of drugs used in cancer and other disease treatment on cellular proteins. The comparison between the different conditions is done qualitatively and quantitatively at the protein and posttranslational modification levels. In addition to protein identification, characterization and post-translational modification analyzes, proteomic approaches to protein complexes and protein-protein interactions are analyzed in detail.
Instrumental Systems
- Thermo Scientific nano Sıvı Kromatografisi (n-LC)
- Thermo Scientific Q-Exactive Orbitrap Kütle Spektroskopisi analitik sistemi (MS/MS)
Proteomic Analysis Laboratory
In our laboratory, studies are carried out in order to understand the changes in cell and cell surface due to cell division. Significant changes occur during cell division in cell surface, as well as large changes in cell. Proteins located on the surface of the cell are of great importance in terms of the environment in which the cells are located and their interaction with each other. One of our studies examines the shifts in the cell division of a protein found on the cell surface and thought to have served in the adhesion of the cells, and the mechanism of these changes. We are also studying in our laboratory that the proteins involved in the cleavage of chromosomes during cell division and in the even distribution of dividing cells. Studies on the determination of amino acid sequences and modifications that play a role in the function of these proteins are being made. Finally, tests are being made on the effects of cell division of drugs developed to target these proteins.
- Thermo Fisher Scientific Proteome Discoverer
- Matrix Science Mascot
- Maxquant
- Scaffold
- Protein Pilot
Seda Kızılel, PhD.
Faculty Co-Director Phone: +90 (212) 338-1836
E-Mail: skizilel@ku.edu.tr
E-Mail: skizilel@ku.edu.tr
Nazlı Ezgi Özkan, PhD.
Sorumlu Postdoc Phone: +90 (212) 338-1000
E-Mail: nazozkan@ku.edu.tr
E-Mail: nazozkan@ku.edu.tr
Genel İşleyiş İlkeleri
Merkezimizde, literatürde sekans bilgisi mevcut olan organizmalar için proteomiks analiz yapılmaktadır. Protein tanımlanması ya da miktar tayini haricindeki analizlerin yapılabilirliğini öğrenmek için lütfen iletişime geçin.
Analizler sorumlu akademisyenler ve teknisyenler tarafından gerçekleştirilebilir. Merkezde analizler ücretli olarak gerçekleştirilir. Ancak analizler için fonunuz kısıtlı ise KUTTAM Direktörlüğü ile iletişime geçebilirsiniz.
Hizmetlerimiz
- LC-MS/MS tabanlı protein tanımlanması
- Kompleks proteom analizi
- IP (immünopresipitasyon)/ BioID sonucu interaktom belirleme
- Yaygın protein modifikasyonlarının tanımlanması ( metilasyon, asetilasyon, fosforilasyon vb.)
- Peptit fragmentasyonu (HCD)
- Yukarıda belirtilen hizmetler için data analizi
Fiyatlandırma
| İşlem | Açıklama | Ücret |
| Standart Proteomiks Analiz* | Enzimatik kesim, örnek temizliği, nLC-MS/MS Analizi, Veritabanı analizi | |
| * Fiyatlandırma örnek tipine, istenilen enzimatik kesime ve örnek sayısı vb. göre farklılık gösterebilmektedir. Detaylı bilgi için lütfen KUTTAM Direktörlüğü ile irtibata geçiniz. | ||
Cihaz Bilgileri (Kullanım Alanları, Teknik Özellikler)
CİHAZ BİLGİLERİ (Kullanım Alanları, Teknik Özellikler)
- Thermo Scientific Q Exactive HF Hibrid Quadrupole-Orbitrap Kütle Spektrometresi
- Thermo Scientific Dionex Ultimate 3000 NCS-3500RS nano Sıvı Karomatografisi
- Thermo Scientific Easy nano LC Sıvı Kromatografisi
Thermo Scientific Q Exactive HF Hibrid Quadrupole-Orbitrap Kütle Spektrometresi
Teknik Özellikler
Mass Range 50 to 6,000 m/z (up to 8,000 m/z with BioPharma option)
Dynamic Range >5,000:1
Mass Accuracy Internal: <1 ppm RMS; External: <3ppm RMS
Polarity Switching One full cycle in < 1 sec (one full positive mode scan and one full negative mode scan at a resolution setting of 60,000)
Sensitivity MS/MS: 100 fg reserpine on column S/N 150:1
SIM: 50 fg reserpine on column S/N 150:1
Resolution Up to 240,000 (FWHM) at m/z 200
Scan Rates Up to 40 Hz
Thermo Scientific Dionex Ultimate 3000 NCS-3500RS nano Sıvı Kromatografisi Teknik Özellikleri
UHPLC pressure capability of up to 860 bar for high performance separations
Wide flow rate range from 50nL/min to 50µL/min
Integrated micro flow pump for flow rates up to 2500µL/min for quick loading, desalting and pre-concentration onto trap columns
Thermo Scientific Easy nano LC 1200 Sıvı Kromatografisi Teknik Özellikleri
Flow Rate Range 20-2000nL/min (Recommended 100-1000nL/min)
Pressure Range 0-1200 bar
Depth (English) 15 inches
Depth (Metric) 38cm
Height (English) 18 inches
Height (Metric) 45cm
Weight (Metric) 37kg
Width (English) 14 inches
Width (Metric) 36cm
Örnek Hazırlanması ve Gönderimi
Lütfen örneklerinizi mesai saatleri içerisinde elimize ulaşacak şekilde göndermeye dikkat edin. Özellikle soğuk zincir ile göndereceğiniz örnekle için araya hafta sonu girmemesi örnek kalitesinin korunması açısından kritik öneme sahiptir. Lütfen örneklerinizi göndermeden önce “Analiz Öncesi Bilgilendirme Formu” nu doldurun ve formun bir çıktısını da örnekleriniz ile beraber gönderin.
Data Analizi (verilerin alınması, işlenmesi ve saklanması)
Thermo Scientific Proteome Discoverer programı haricinde farklı analiz yöntemleri için iletişime geçilmesi gerekmektedir.
Talep edildiği takdirde, ham veriler “.raw” formatında kullanıcıya verilebilmektedir. Birçok dergi yayın sırasında proteomiks çalışmaların ham verileri talep etmektedir. Bu nedenle ham verilerinizi almanızı ve yayın süreci bitene kadar saklamanızı şiddetle tavsiye ederiz.
Ham veriler 6 ay süreyle merkezdeki bilgisayarda ve sunucularda saklanmaktadır.