KUTTAM-CMIC INFORMATION GUIDE
Bu kılavuz aşağıda belirtilmiş konularda bilgilendirme içermektedir:
- GENEL İŞLEYİŞ İLKELERİ
- REZERVASYON SİSTEMİ
- ÖDEME BİLGİLERİ
- MİKROSKOP SİSTEMLERİNİN TEKNİK VE KULLANIM ÖZELLİKLERİ
- VERİLERİN ALINMASI, İŞLENMESİ VE SAKLANMASI
- GÖRÜNTÜLEME ÖNCESİ KONTROL FORMU
- KURUM DIŞI HİZMET TALEP FORMU
Yayınlarınızda, sunumlarınızda ve posterlerinizde KUTTAM altyapısının kullanıldığının doğru bir şekilde ifade edilmesini önemsiyoruz. Ancak bu şekilde bilim topluluğu üzerindeki etkimizi gösterebilmemiz mümkündür. Böylelikle en yeni teknolojileri KUTTAM’a kazandırmak ve daha iyi hizmet sunmak için gerekli yeni kaynakları temin edebiliriz.
Önerilen ifade aşağıda bulunabilir:
“Bu çalışma, TC Kalkınma Bakanlığı tarafından desteklenen, Koç Üniversitesi Translasyonel Tıp Araştırma Merkezi (KUTTAM)’nin hizmet ve altyapısı kullanılarak yürütülmüştür. Yazının içeriğinden tümüyle yazarlar sorumludur ve Kalkınma Bakanlığı’nın resmi görüşünü yansıtmamaktadır”.
Genel İşleyiş İlkeleri
- Merkez hafta içi 08:30-17:30 saatleri arasında hizmet vermektedir (Canlı hücre görüntüleme deneyleri mesai saatleri içinde başlatılır ve bitirilir).
- Sistemlerin kullanımı sorumlu akademisyenler ve teknisyenler tarafından randevu alınarak geçekleştirilebilir.
- Merkezde görüntüleme ücretli olarak gerçekleştirilir. Ancak görüntüleme için ayrılmış bir fonunuz yoksa KUTTAM Direktörlüğü ile iletişime geçebilirsiniz. Bu konuda size destek sağlanabilir.
Rezervasyon Sistemi
- Sistemlerin rezervasyonsuz kullanımı mümkün değildir.
- Kurum içi kullanıcılar kullanıcı bilgileri tanımlandıktan sonra “labagenda” (labagenda.com)takvimi üzerinden rezervasyon yaptırabilirler. Rezervasyon sırasında doğru sistemin rezerve edilebilmesi için takvimdeki uygun alana kullanım amacı yazılmalıdır.
- Rezervasyonların merkez sorumluları tarafından onaylanması gereklidir.
- Kurum dışı kullanıcıların bu dokumanda bağlantısı (Bölüm 7) yer alan “kurum dışı hizmet talep formunu” doldurarak sistemden göndermesi gereklidir.
- Kullanıcılar kullanım isteğinden en az bir hafta önce rezervasyon talebinde bulunmalıdır.
- Sistem üzerinden maksimum üç hafta sonrasına kadar randevu alınabilir.
- Bir gün içinde (canlı hücre deneyleri dışında) dört saatten uzun randevu talep edilemez.
- Rezervasyon iptali durumunda en geç iki gün önceden haber verilmelidir.
- Acil randevu oluşturulmak istediğinde bu dokümanda belirtilen yetkililere e-posta yolu ile ulaşılması gereklidir.
- Rezervasyon saatinden 15 dakika önce merkezde bulunulması gerekmektedir.
- Tüm kullanıcılar randevu öncesi “Görüntüleme öncesi kontrol formu” nu eksiksiz doldurarak sistemden göndermesi gerekmektedir.
- Rezervasyon öncesinde kullanım amacının ilgili formlarda belirtilebilmesi için merkezdeki sistemlerin teknik özellikleri incelenerek kullanılacak mikroskop belirlenmeli, gerekirse bilgi alınmalıdır.
- Son anda iptal durumu veya habersiz şekilde gelememe durumunda araştırıcı uyarı alır, tekrarlanma durumunda erişim kısıtlaması yapılabilir.
Ödeme Bilgileri
- Merkezde kurum içi ve kurum dışı fiyatlandırma aşağıdaki tabloda belirtildiği şekilde gerçekleşmektedir.
- Rezervasyon durumunda %25 peşin ödeme alınır.
- Ödeme ayrıntıları için KUTTAM@ku.edu.tr adresi ile iletişime geçilebilir.
- Araştırıcıların görüntüleme için ayrılmış bir fonunun bulunmadığı durumlarda KUTTAM direktörlüğü ile destek sağlanması konusunda iletişime geçilebilir.
Mikroskop Sistemlerinin Teknik ve Bakım Özellikleri
Leica DMi8/ SP8 TCS (True Confocal Scanning)-DLS
Kullanım alanları:
-
Konfokal mikroskopi
-
Dijital düzlem ışık (“digital light sheet”-DLS) mikroskopisi
-
Canlı hücre görüntüleme**
Hangi örnekler için uygundur?
-
Rutin konfokal görüntüleme için hazırlanmış cam lam üzerindeki hücreler/doku kesitleri veya cam tabanlı kültür kabında yer alan hücreler
-
DLS için özel olarak hazırlanmış (şeffaf olan veya şeffaflandırılmış) canlı veya fikse örnekler
-
Transparan olmayan ancak üzerinde fluoresan veren yapılar olan bazı malzemeler
Teknik özellikler:
Ters (inverted) stand, motorize (x,y,z) mikroskop tablası, sıcaklık ve karbondioksit kontrollü inkübasyon kutusu, DLS kondensör
** Bu sistem üzerinde bulunan kondansör DIC görüntü alınmasına imkan vermez.
Lazerler
-
UV Diode 405nm
-
Diode 638nm
-
OPSL 488nm
-
OPSL 552nm
Dedektörler
-
2 adet PMT
-
1 adet HyD
-
1 adet TLD (PMT Trans)
Objektifler
-
1.6x/0.05 DRY-(DLS illuminasyon objektifi)
-
2.5x/0.07 DRY (HC PL FLUOTAR)- (DLS illuminasyon objektifi)
-
10x/0.30 DRY (HC PL FLUOTAR)
-
20x/0.75 DRY (HC PL APO)
-
40x/1.10 WATER (HC PL APO)
-
63x/1.40 OIL (HC PL APO)
DLS deteksiyon objektifleri ve aynaları
-
5x/0.15 IMM DLS (HC PL FLUOTAR)
-
10x/0.30 WATER DLS (HC APO)
-
25x/0.95 WATER DLS (HC FLUOTAR)
-
2.5 mm mirror cap WATER
-
5.0 mm mirror cap WATER/GLYC
-
7.8 mm mirror cap WATER
Leica DMi8/ SP8 TCS-STED
Kullanım alanları:
-
Konfokal mikroskopi
-
Süperçözünürlük mikroskopisi
-
FRAP/FRET
Hangi örnekler için uygundur?
-
Rutin konfokal görüntüleme için hazırlanmış cam lam üzerindeki hücreler/doku kesitleri veya cam tabanlı kültür kabında yer alan hücreler
-
STED ile görüntüleme amacıyla özel olarak hazırlanmış cam lamda hücreler/doku kesitleri veya cam tabanlı kültür kabında yer alan hücreler
-
Uygun alıcı ve donör çiftleri ile işaretlenmiş fluoresan rezonans enerji transfer örnekleri
Teknik özellikler:
SP8 STED3X-gated, ters (inverted) stand, motorize mikroskop tablası, takılabilir sıcaklık kontrollü tabla adaptörü, universal kondansör, Hyvolution dekonvolusyon paketi
Lazerler
-
UV Diode 405nm
-
Argon (458nm / 476nm / 488nm / 496nm / 514nm)
-
White Light Laser (WLL) (470nm-670nm)
-
STED Laser (592nm / 660nm)
Dedektörler
-
2 adet PMT
-
2 adet HyD
-
1 adet TLD (PMT Trans)
Objektifler
-
10x/0.30 DRY (HC PL FLUOTAR)
-
20x/0.75 DRY (HC PL APO CS2)
-
40x/1.30 OIL (HC PL APO CS2)
-
93x/1.30 GLYC (HC PL APO CS2)
-
100x/1.40 OIL (HC PL APO CS2)
Leica DM6/ SP8 TCS-MP
Kullanım alanları:
-
Konfokal mikroskopi
-
Multifoton mikrokopi
Hangi örnekler için uygundur?
-
Penetrasyon gerektiren kalın örnekler
-
Canlı dokular
-
Düz (upright) konfokal sisteme uygun preparatlar**
Teknik özellikler:
Düz (upright) stand, motorize (x,y,z) mikroskop tablası, lazer emniyet kutusu, manuel ayarlanabilir örnek tutucu
Lazerler
-
IR LASER/Chameleon Vision II/680-1080 nm
-
Diod 488
-
Diod 552
** Bu sistemde konfokal görüntüleme için uv lazer bulunmaz.
Dedektörler
-
2 adet PMT
-
2 adet eksternal HyD
-
1 adet TLD (PMT Trans)
Objektifler
-
10x/0.30 WATER (HC PL APO)
-
20x/0.75 DRY (HC PL APO)
-
25x/0.95 WATER (FLUOTAR)
-
40x/1.10 WATER-CORR (HC PL IR APO)
-
40x/0.80 WATER (HCX APO)
-
63X/1.40 OIL (HC PL APO)
Eksternal HyD filtreleri
-
FITC/TRITC
-
DAPI/FITC
-
CFP/YFP
Leica DMi8 epi-fluoresan mikroskop ve canlı hücre görüntüleme sistemi
Kullanım alanları:
-
Konvansiyonel fluoresan mikroskopi
-
Canlı hücre görüntüleme sistemi
Hangi örnekler için uygundur?
-
Rutin fluoresan görüntüleme için hazırlanmış cam lam üzerindeki hücreler/doku kesitleri veya kültür kabında hücreler (z aksında yüksek çözünürlüğe ihtiyaç olmadığı durumlarda)
-
Fluoresan görüntülemeye uygun canlı hücreler
Teknik özellikler:
Ters (inverted) stand, motorize (x,y,z) mikroskop tablası, sıcaklık ve karbondioksit kontrollü inkübasyon kutusu, inkübatör içi inkübasyon çemberi, universal kondansör, DIC, Hamamatsu Orca Flash 4.0 V2, kamera
Objektifler
-
10x/0.30 DRY (HC PL FL)
-
20x/0.40 DRY-CORR (HCX PL FL L)
-
40x/0.60 DRY-CORR (HCX PL FLUOTAR L)
-
63x/0.70 DRY -CORR (HCX PL FL L)
-
100x/1.30 OIL (HCX PL FLUOTAR)
Filtreler
-
DAPI
-
Y3
-
Y5
-
FITC
-
C/Y FRET
Verilerin Alınması, İşşenmesi ve Saklanması
- Kullanım sırasında elde edilen görüntüler KUTTAM-CMIC tarafından sağlanan harici disk ile merkez içindeki veri işleme bilgisayarına alınır. Kullanıcılar bu bilgisayardan verilerini kendi belleklerine transfer edebilirler.
- Mikroskoplarla uyumlu görüntüleme programının (LASX application suite) bir çok işlevini içeren pc uyumlu bağlantısı, talep eden kullanıcılar için kendi bilgisayarlarına kurulmak üzere e-posta yoluyla iletilebilir.
- Kullanıcılar kendi bilgisayarlarında kurulu LASX programı ile gerçekleştiremedikleri işlemler için merkezde bulunan veri işleme bilgisayarını kullanabilirler. Bu bilgisayarın da sistemler gibi kullanım öncesi rezerve edilmesi gereklidir.
- Kullanıcıların verileri merkezdeki bilgisayarlarda en fazla 3 (üç) ay süre ile saklandıktan sonra silinmektedir. Bu nedenle kullanıcıların verilerini bu süreden önce almaları gereklidir.
Görüntüleme Öncesi Kontrol Formu
*Bu formun kullanım öncesi doldurulup sistem üzerinden merkeze ulaştırılması gereklidir.
Görüntüleme öncesi kontrol formu için lütfen tıklayınız.
Kurum Dışı Hizmet Talep Formu