KUTTAM HÜCRESEL VE MOLEKÜLER GÖRÜNTÜLEME MERKEZİ (KUTTAM-CMIC) KULLANICI BİLGİLENDİRME DUYURUSU

Değerli araştırmacılar,
Yapılan son değerlendirmeler ve ihtiyaçlar doğrultusunda merkezimizdeki işleyiş kuralları aşağıdaki şekilde düzenlenmiştir.

GENEL İŞLEYİŞ İLKELERİ

Mikroskop sistemlerini kullanmak için, kullanıcıların teorik ve pratik eğitimlerini tamamlamaları gerekmektedir.

• Kurumiçi kullanıcılar “bookkit” (https://www.clustermarket.com) takvimi üzerinden rezervasyon yapabilirler. Sistemde profil tanımlamak için ilgili personel ile iletişime geçilebilir: KUH için Sema Balı (sbali@ku.edu.tr) Rumeli Feneri için Büşra Harmanda (bharmanda@ku.edu.tr).
• Mikroskop sistemleri rezervasyonsuz kullanılamaz.
• 1 Nisan 2023 tarihinden itibaren sistemleri kullanmak için tüm araştırma gruplarından ücret tahsil edilecektir. Gruplar bütçelerini ona göre ayarlamaları önemle rica olunur.
• Rezervasyonlar en fazla 3 hafta sonrası için ve en az 4 gün kala yapılabilir. Geç rezervasyon istisnasız olarak kabul edilmeyecektir. Acil ihtiyaç durumunda ise danışman veya baş araştırmacıların yetkilililere ulaşması gerekir.
• Geç iptal edilmiş seanslar için normal ücretin %50’si talep edilecektir. Kullanıcıların belirlenmiş saatlerde görüntüleme merkezinde bulunmaları ve deneylerini zamanında bitirmeleri gerekmektedir. Aksi halde kullanıcı uyarılıp ve danışmanı bilgilendirilecektir. Tekrar etmesi durumunda erişimi engellenecektir.
• Soru ve talepler için CMIC personeline mail ile ulaşılabilir. Sadece acil durumlarda ise whatsapp ve telefonla iletişime geçilmesi gerekir.
• Eğitim seansları kısıtlı olup ve CMIC personelinin programına göre düzenlenir. Acil eğitim talepleri (tez savunma, proje raporu vs gibi durumlarda bile) kabul edilmez. Sırada beklemesi gerekmektedir.
• Proses bilgisayarları ve tahsis edilen harici belleklere düzenli format atılır, dolayısıyla kullanıcılar verilerini bir an önce almaları gerekmektedir.

 

RUMELİ FENERİ KAMPÜS GÖRÜNTÜLEME REZERVASYON KURALLARI

Konfokal mikroskop için:
• Rezervasyon seansları 4 saatlik dilimlerde ve aşağıdaki şekilde olmalıdır.
09:00 – 13:00 (Haftaiçi)
13:00 – 17.00 (Haftaiçi)
• Her kullanıcı bir günde en fazla 1 seans için rezervasyon yapabilir.
• Her araştırma grubu her hafta en fazla iki seans rezerve edebilir. İki seansdan fazla yapılmış rezervasyonlar, yüksek talep durumunda, yetkili tarafından iptal edilebilir (önceden onaylanmış ise bile). Gruplar iptal riski ile karşılaşmamak için, en fazla her hafta 2 seans alacak şekilde plan yapmaları rica olunur.
• CMIC-RF yukarıda belirtilen zaman dilimleri dışında da hizmet vermeye devam etmektedir. Ancak bu sadece kıdemli ve yeterli ekspertize sahip kullanıcılar ile kısıtlı olacaktır. Kıdemli kullanıcılar için seanslar aşağıdaki gibidir.
Hafta içi: 17:00 – 21:00 21:00 – Ertesi gün 09:00’a kadar.
Haftasonu: Belirli zaman dilimi yok

• Kıdemli kullanıcılar haftasonu dahil en fazla 24 saat rezervasyon yapabilirler. Daha fazla yapılmış rezervasyonlar yetkililer tarafından yoğunluk durumuna göre iptal edilecektir. Kullanıcılar iptal riski ile karşılaşmamak için belirlenen zamana uymaları önemle rica olunur. 24 saatten fazla rezervasyon için yetkili personel Büşra Harmanda’ya (bharmanda@ku.edu.tr) ulaşılabilir.

Konfokal mikroskop için:
• Rezervasyon seansları 4 saatlik dilimlerde ve aşağıdaki şekilde olmalıdır.
09:00 – 13:00 (Haftaiçi)
13:00 – 17.00 (Haftaiçi)
• Her kullanıcı bir günde en fazla 1 seans için rezervasyon yapabilir.
• Her araştırma grubu her hafta en fazla 3 seans rezerve edebilir. 3 seanstan fazla yapılmış rezervasyonlar, yüksek talep durumunda, yetkili tarafından iptal edilebilir (önceden onaylanmış ise bile). Gruplar iptal riski ile karşılaşmamak için, en fazla her hafta 3 seans alacak şekilde plan yapmaları rica olunur.
• CMIC-KUH yukarıda belirtilen zaman dilimleri dışında da hizmet vermeye devam etmektedir. Ancak bu sadece kıdemli ve yeterli ekspertize sahip kullanıcılar ile kısıtlı olacaktır. Bu kıdemli kullanıcılar için seanslar aşağıdaki gibidir.
Hafta içi: 17:00 – 22:00 22:00 – Ertesi gün 09:00’a kadar.
Haftasonu: Belirli zaman dilimi yok.
• Kıdemli kullanıcılar haftasonu dahil en fazla 24 saat rezervasyon yapabilirler. Daha fazla yapılmış rezervasyonlar yetkili tarafından yoğunluk durumuna göre iptal edilecektir. Kullanıcılar iptal riski ile karşılaşmamak için belirlenen zamana uymaları önemle rica olunur. 24 saatten fazla rezervasyon için yetkili personel Sema Balı’ya (sbali@ku.edu.tr) ulaşılabilir.

 

ÜCRETLENDİRME

• Merkezde kurum içi ve kurum dışı fiyatlandırma aşağıdaki tabloda belirtildiği şekilde gerçekleşmektedir.
• Ödeme ayrıntıları için KUTTAM@ku.edu.tr adresi ile iletişime geçilebilir.
• Proje önerilerinde lütfen görüntüleme bütçesi ayırınız.

 

Kurum içi Kurum dışı
Leica Dmi8/SP8 konfokal mikroskop sistemi 150 TL + KDV/saat 660TL + KDV/saat
Leica Dmi8/SP8 DLS/STED ve 225 TL + KDV/saat 990 TL + KDV/saat
Leica Dm6/SP8 MP sistemleri
Leica Dmi8, Leica DMİ8/SP8 ve Zeiss  canlı hücre görüntüleme sistemleri 375 TL + KDV/ 12 saat 1050 TL + KDV/ 12 saat
750 TL + KDV/ 24 saat 2100 TL + KDV/ 24 saat
1500 TL + KDV/ 72 saat 5400 TL + KDV/ 72 saat

 

VERİLERİN ALINMASI, İŞLENMESİ VE SAKLANMASI

• Kullanım sırasında elde edilen görüntüler KUTTAM-CMIC tarafından sağlanan harici disk ile merkez içindeki veri işleme bilgisayarına alınır. Kullanıcılar bu bilgisayardan verilerini kendi belleklerine transfer edebilirler.
• Mikroskoplarla uyumlu görüntüleme programının (LASX application suite) birçok işlevini içeren pc uyumlu bağlantısı, talep eden kullanıcılar için kendi bilgisayarlarına kurulmak üzere e-posta yoluyla iletilebilir.
• Kullanıcılar kendi bilgisayarlarında kurulu LASX programı ile gerçekleştiremedikleri işlemler için merkezde bulunan veri işleme bilgisayarını kullanabilirler. Bu bilgisayarın da sistemler gibi kullanım öncesi rezerve edilmesi gereklidir.
• Kullanıcıların verileri merkezdeki bilgisayarlarda en fazla 3 (üç) ay süre ile saklandıktan sonra silinmektedir. Bu nedenle kullanıcıların verilerini bu süreden önce almaları gereklidir.

 

İLETİŞİM

Konum: Koç Üniversitesi Translasyonel Tıp Araştırma Merkezi
KUH Merkezi: Koç Üniversitesi Hastanesi, KUTTAM 4. Kat, Topkapı
RF Merkezi: Koç Üniversitesi Rumelifeneri Kampüsü, SNA B203, Sarıyer

Sorumlu Akademisyenler:
Serçin Karahüseyinoğlu, MD.
Tel: +90 (212) 338-1161
E-mail: skarahuseyinoglu@ku.edu.tr
Alper Kiraz, Prof. Dr.
Tel: +90 (212) 338-1701
E-mail: akiraz@ku.edu.tr

Sorumlu Uzman Personel:
KUH: Sema Balı
E-mail: sbali@ku.edu.tr
RF: Büşra Harmanda, PhD
E-mail: bharmanda@ku.edu.tr

Serçin Karahüseyinoğlu, MD. Sorumlu Akademisyen Tel: +90 (212) 338-1161
E-posta: skarahuseyinoglu@ku.edu.tr
Alper Kiraz, PhD. Sorumlu Akademisyen Tel: +90 (212) 338-1701
E-posta: akiraz@ku.edu.tr
Multifotonlu Konfokal Mikroskop Sistemi

Örnek kalınlığı mikroskopide önemli bir parametredir ve kalınlık arttıkça görüntü alınabilmesi için ışığın daha derine girmesi gereklidir. Multifoton eksitasyon mikroskobu  özellikle kalın örneklerde (beyin dilimleri, embriyolar, organın tümü ve hatta bazı durumlarda hayvanın tümü) görüntülemeye olanak sağlamaktadır. Sistemde bulunan kızıl ötesi eksitasyon lazerleri dokulara derin penetrasyonu sağlamakta ve, hücreler ve hücre içindeki yapılar detaylı şekilde ortaya çıkarılmaktadır. Özellikle canlı örneklerde  fluoresan görüntülemenin en önemli sınırlayıcı parametrelerinden biri olan foto-solmanın, kullanılan görüntüleme sistemi ile çok daha az izlenmesi önemli bir avantaj sağlamaktadır.

Canlı Hücre Görüntüleme Sistemi

Canlı hücrelerin görüntülenmesi hücrenin fizyolojik işlevlerinin gerçek zamanlı olarak ortaya konulmasını sağlayan bir yöntemdir. Hücrenin işlevlerini yerine getirirken izlenebilmesi, ve in vitro hücresel tepkilerin görülmesi, hücre davranışının değişmesini sağlayacak yaklaşımların oluşturulmasında kritik rol oynar. Hücrelerin uzun süreli gözlemlerde dahi sağlıklı ve canlı kalmalarının sağlanabilmesi için bu sistem sıcaklık, pH, nem ve ışık kontrolünün sağlandığı inkübasyon ekipmanı ile donatılmıştır. Canlı görüntülemede önemli bir problem olan odak ayarının otomatik olarak sağlanması ise uzun süreleri inkübasyonu desteklemektedir. Sistem flüoresan görüntü sağlanabilmesine olanak sağlayarak hem transfekte canlı hücrelerin görüntülenmesine, hem de flüoresan konjuge boyalarla hazırlanmış örneklerin gözlenmesine olanak sağlamaktadır.

Süperçözünürlüklü Konfokal Mikroskop Sistemi

Mikroskopide son yıllarda yer alan en heyecan verici gelişmelerden bir tanesi hem lateral hem de aksiyel olarak nanometre skalasında çözünürlük sağlayan süperçözünürlük mikroskoplarıdır. KUTTAM’da bulunan süperçözünürlük mikroskobu STED (Stimulated Emission Depletion) teknolojisini kullanmakta ve 20-40 nanometreye kadar çözünürlük sağlanabilmektedir. Bu derece yüksek çözünürlük hücre içinde bulunan yapıların konvansiyonel kullanımdaki bir konfokal mikroskoptaki görüntülemeye göre  çok  daha  detaylı şekilde ortaya çıkarılmasını sağlamaktadır. Ayrıca bu mikroskop sisteminde bulunan beyaz ışık lazeri (white light laser), yüksek çözünürlükte çok-renkli görüntüleme yapılmasına ve farklı yapıların keskin şekilde görülmesine olanak sağlamaktadır. Canlı görüntüleme de yapılabilen bu mikroskop sistemi özellikle ince örneklerde hücre işlevleri sırasında süper çözünürlükte görüntüleme yapılmasına olanak vermektedir.

Dijital Düzlem Işıklı Konfokal Mikroskop Sistemi

Görüntüleme için ışık gereklidir ancak çok fazla ışık hücrelere zarar verebilir. DLS’ nin örneklerde oluşabilecek foto-hasar ve foto-solmayı azaltan son derece hassas bir teknik olması nedeniyle örnek canlılığı korunabilmektedir. Düşük ışık aydınlatmasının yüksek hızda görüntüleme ile birleştirildiği  bu sistem özellikle doku ve organların oluşumu ve gelişimi sırasında izlenen hızlı ve periyodik işlevlerin uzun süreli üç-boyutlu görüntülemesi için kullanılmaktadır. Canlı örneklerin yanı sıra hazırlanmış örneklerin de üç-boyutlu olarak görüntülenmesine olanak sağlayan sistemle birlikte bulunan konfokal mikroskop ve gelişmiş dekonvolusyon sistemleri, örneklerde yüksek çözünürlükte hızlı görüntülemeye olanak sağlamaktadır.