Lütfen örneklerinizi hazırlamadan önce merkezimize danışın.

Örnek hazırlama şekli,  gereken örnek miktarı,  örneklerin gönderim şekli vb. özellikler her proje için farklılık gösterebilmektedir. Yüksek verimli sonuçlar alabilmeniz için örnek hazırlamadan önce merkezimizle iletişime geçmeniz oldukça önemlidir.

Kontaminasyondan kaçının.

Kontaminasyon proteomiks analizleri çok ciddi şekilde etkileyen ve örnek hazırlama sürecinin çeşitli aşamalarından kaynaklanabilecek bir problemdir. Bazı kontaminasyonlar belirgin farklara neden olmazken bazıları sonuçları çok ciddi şekilde etkileyebilmektedir. Bu nedenle, yüksek verimlilikte sonuç alabilmek için kontaminasyondan kaçınmak çok önemlidir.

Keratinler

Keratinler, özellikle cilt, saç, toz, kıyafet, kimyasal vb. etmenlerden bulaşan kontamine edici proteinlerdir. Keratin kontaminasyonunun tamamen yok edilmesi imkânsız (ve gereksiz) olsa da örnekte yüksek miktarda bulunmaları diğer proteinlerin baskılanmalarına neden olmaktadır.

Özellikle jelde yapılan enzimatik reaksiyonlarda, keratin kontaminasyonunun çoğunlukla jel üzerine yapışan tozdan kaynaklandığı düşünülmektedir. Bu nedenle, deneylerin temiz bir laboratuvar ortamında yapılması, sonuçları olumlu şekilde etkileyecektir.

Keratin kontaminasyonun minimize edilmesi için her zaman pudrasız-nitril eldiven giyilmesi tavsiye edilmektedir. Lateks eldivenler nişasta ve beraberinde birçok protein içerdikleri için kullanımlarından kaçınılmalıdır.  Hiçbir zaman jele ya da içerisinde bulunduğu sıvıya ya da diğer çözeltilere elle temas edilmemesi gerekmektedir.  Jel boyama sırasında kullanılan kaplar sadece bu işe adanmış olmalı ve boyama sırasında kapakları mutlaka kapalı tutulmalıdır.  Kullanılan malzemelerin temizliği saf su ya da %70 etanol ile yapılabilir. Hiçbir zaman sabun/deterjan türevleri kullanılmamalıdır. Beklemiş olan çözeltiler kontaminasyona meyilli oldukları için kullanılan çözeltilerin taze olarak hazırlanması önerilir.

Diğer Kontaminant Proteinler

Sıkça rastlanan diğer kontaminant proteinler BSA, imminoglobulinler ve diğer serum proteinleridir. Bu kontaminantlar genellikle hücre kültürü besi yerinden kökenlenir ve hücre peletlerinin iyi şekilde yıkanmaları ile uzaklaştırılabilir.

Polimerler

Bir diğer önemli kontamint grubu polimerlerdir. Polimerler, kromatografi kolonlarına yapışma eğilimde olduklarından, bu kolonların kullanılamaz hale gelmelerine veya daha sonraki analizlere de kontaminasyon taşınmasına neden olabilmektedir. Bu nedenle polimerler, keratinlerden de ciddi bir tehdit oluşturmaktadır. Ek olarak çoğu polimer peptitlerden daha iyi iyonize olabildikleri için çok düşük miktarları bile örneğin baskılanmasına neden olabilmektedir.

Polimerler arasından en yaygın kontaminantlar olan PEG’ler plastik, sabun, el kremleri ve deterjanlarda bulunur. Otoklavlanmış plastik malzemeler, kaplamalı  (low binding) deney tüpleri ve parafilm kullanımından kaçınılmalıdır.

En önemlisi, proteomiks analize gönderilen örneklerde hiçbir şekilde deterjan (özellikle NP-40 ve Triton-X) bulunmaması gerekmektedir. Bu nedenle eğer örneğinizde deterjan mevcutsa, analize göndermeden önce çok iyi şekilde yıkanarak deterjanın uzaklaştırılması gerekmektedir.

“KUTTAM Omiks Analiz öncesi bilgilendirme formu”nu(link) eksiksiz doldurun.

Örneğinizde tam olarak ne kadar protein (mg /µg ) olduğunu belirleyin.

MS uyumlu kimyasallar kullandığınızdan emin olun.

Özellikle enzimatik kesim reaksiyonunu kendiniz yapmayı planlıyorsanız kullandığınız kimyasalların yeterli saflıkta ve MS-uyumlu olduğundan emin olmanız gerekmektedir. Benzer şekilde örneklerinizin jelde yürütme işlemini kendiniz yapmayı ve bize kesilmiş jel parçaları göndermeyi planlıyorsanız jel boyama solüsyonları yüksek saflıkta olmalıdır. Bu nedenle bu solüsyonları kendiniz yapmanız yerine MS-uyumlu alternatiflerini (örn. PageBlue™)  satın almanızı tavsiye ediyoruz.

Örnek kökenli sorunlar (yüksek kontaminasyon, yetersiz protein miktarı) nedeniyle istenilen sonuçların alınamaması durumunda analiz tekrarı ücretlendirmeye tabidir.